Cilza Carla Bignotto, na ocasião, mestranda em Teoria e História Literária no IEL, sob orientação da Prof.ª Drª Marisa Lajolo, localizou em Santos uma coleção de livros, folhetos e periódicos de e sobre Monteiro Lobato; conjunto que adquiriu com o apoio da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp). Ao término de sua pesquisa, em 1999, fez a doação do material para o CEDAE.
Após a chegada do fundo Monteiro Lobato, a Biblioteca Lobatiana se tornou uma coleção temática e aberta para novas incorporações. No entanto, em 2009, o Processamento Técnico do Centro, num trabalho de revisão da constituição de seu acervo, estabeleceu, analisando sua constituição original, que o conjunto era uma coleção fechada, constituída apenas pelos documentos doados por Bignotto, ou seja, retiraram-se as incorporações efetuadas posteriormente e a transferiram para a Coleção de Documentos Avulsos.
Em 2019, a pesquisadora Cilza Bignotto realiza a doação de um segundo lote de livros, de autoria de Monteiro Lobato e de outros escritores, a maioria em suas primeiras edições, publicados nos anos de 1867 a 2010, além de boletins e revistas das décadas de 10 a 90 do século XX.