Foi regulamentada pela Portaria GR-100/1996 e, posteriormente, por intermédio da Resolução GR-094/2001, quando recebeu a denominação de Auditoria Interna (Audint). O órgão foi subordinado à Pró-reitoria de Desenvolvimento Universitário (PRDU) após a publicação da Deliberação CAD-A-002/2003, com a finalidade de promover de forma contínua, a melhoria administrativa da Universidade. Suas atribuições foram, do ponto de vista operacional, examinar eficiência, custos, conformidade com os aspectos normativos, resultados da área ou processo quanto à eficácia, compatibilidade com os melhores resultados das organizações no segmento auditado e conformidade com os planos, metas, objetivos, diretrizes e políticas institucionais; examinar documentos quanto à conformidade com o que estabelece a legislação que regula a atividade pública; examinar a confiabilidade dos dados e informações; examinar os sistemas de garantia e de gestão da qualidade quanto à conformidade com as políticas e diretrizes da qualidade, normas, padrões e requisitos dos usuários e envolvidos com o objeto da auditoria. Foi revogada pela Deliberação CAD-A-002/2013.