Trata-se de um órgão complementar da Universidade, previsto nos Estatutos da Unicamp, baixados pelo Decreto Estadual nº 52.255/1969. Sua implantação se deu a partir da Portaria GR-121/1983 como Prefeitura da Cidade Universitária “Zeferino Vaz”. Com a publicação da Resolução GR-034/2018, a Prefeitura Universitária passou a ser vinculada à Diretoria Executiva de Administração (DEA). É responsável pelos serviços de alimentação nos restaurantes universitários, transporte fretado e circular, sinalização viária, energia elétrica e saneamento. É responsável ainda pela manutenção urbana e predial, limpeza urbana e coleta seletiva, monitoramento animal e implantação e conservação de áreas verdes. O órgão também gerencia os pontos comerciais espalhados pelo campus e promove programas de conscientização e projetos de melhoria na Universidade.