Inaugurada em 2009 com cursos de graduação em todas as áreas do conhecimento, a Faculdade de Ciências Aplicadas (FCA) adotou uma estrutura não departamental e criou um eixo formador comum entre os diversos cursos de graduação, de pós-graduação e entre as demais atividades acadêmicas. A pedra fundamental foi lançada em 2006 no campus de Limeira-SP e seu funcionamento foi aprovado pela Deliberação CONSU-A-033/2008. Os primeiros cursos de graduação foram Ciências do Esporte, Engenharia de Manufatura, Engenharia de Produção, Gestão de Comércio Internacional, Gestão de Empresas, Gestão de Políticas Públicas, Gestão do Agronegócio e Nutrição. Em 2013 foram criados dois novos cursos: Bacharelado em Administração e Bacharelado em Administração Pública. Os programas de pós-graduação tiveram início em 2011.