A partir da Deliberação CONSU A-011/2023, foi criada a Prefeitura Universitária dos campi de Limeira, subordinada à Diretoria Executiva de Administração (DEA). Cabe à PREF-LIM coordenar as relações institucionais junto às unidades de Limeira, intermediar as ações com demais órgãos da administração da Universidade, formular, implantar e executar políticas de gestão dos territórios, abrangendo abastecimento e distribuição de água, energia elétrica, água pluvial e esgoto, resíduos sólidos, manutenção urbana e predial, limpeza e conservação, segurança e vigilância patrimonial, convivência universitária, transporte, acessibilidade, meio ambiente, sustentabilidade, alimentação, modernização tecnológica e comunicação. Ao ser instituída, a PREF-LIM incorporou a Secretaria de Administração Regional – SAR.