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Iniciou suas atividades em 1968, como Departamento de Economia e Planejamento Econômico (DEPE) do Instituto de Filosofia e Ciências Humanas (IFCH), com os cursos de Economia e Planejamento Econômico em nível de pós-graduação. O curso de graduação em Ciências Econômicas começou em 1970. O mestrado e o doutorado foram formalmente implementados ao longo daquela década, em 1974 e 1977, respectivamente. A Deliberação CONSU-A-013/1990 dispõe sobre o seu regimento interno e estabelece a missão do IE de promover o ensino, desenvolver e estimular as atividades de pesquisa científica e prestar serviços à comunidade. A Deliberação também especificou os centros de pesquisa da unidade, como Centro Interno de Estudos de Conjuntura (Cecon), Centro Interno de Estudos de Relações Econômica Internacionais (Ceri), Centro Interno de Estudos de Desenvolvimento Econômico (Cede) e Centro Interno de Estudos de Economia Sindical e do Trabalho (Cesit). Ao longo de sua história, a diversificação e especialização das áreas de pesquisa se traduzem nas atuais três dezenas de linhas de investigação vigentes, conduzidas em onze centros e núcleos de pesquisa. A pós-graduação tem linhas como história econômica, economia social e do trabalho, economia agrícola e do meio ambiente, economia regional e urbana, padrões e estratégias de desenvolvimento.